Release 2.0

• Modification du type de données à la racine du fichier input.yml (liste au lieu d'un dict, le name est ajouté comme item supplémentaire au dictionnaire de chaque espèce sp_dict)
• ajustement de la fonction parse_input() pour tenir compte de la modif précédente
• ajustement du fichier input citrus exemple
• simplification de la fonction get_gspecies_string_from_sp_dict()
• ajout de la date au nom du fichier gff
• fix verbosity arg
• fix banner
• suppression des replace() sur full_name et species_folder_name car genus, species, strain, sex sont "nettoyés" en amont avec la fonction clean_string()

examples/citrus_sinensis.yml

@@ -2,7 +2,7 @@
 # The file consists in a "list" of species for which the script will have to create these stacks/load data into galaxy/run workflows
 # This file is internally turned into a list of dictionaries by the scripts
 
-citrus_sinensis:  # Dummy value to designate the species (isn't used by the script)
+- name: citrus_sinensis  # Dummy value to designate the species (isn't used by the script)
   description:
   # Species description, leave blank if unknown or you don't want it to be used
   # These parameters are used to set up the various urls and adresses in different containers