Release 2.0

• Modification du type de données à la racine du fichier input.yml (liste au lieu d'un dict, le name est ajouté comme item supplémentaire au dictionnaire de chaque espèce sp_dict)
• ajustement de la fonction parse_input() pour tenir compte de la modif précédente
• ajustement du fichier input citrus exemple
• simplification de la fonction get_gspecies_string_from_sp_dict()
• ajout de la date au nom du fichier gff
• fix verbosity arg
• fix banner
• suppression des replace() sur full_name et species_folder_name car genus, species, strain, sex sont "nettoyés" en amont avec la fonction clean_string()

utilities.py

@@ -44,14 +44,12 @@ def parse_input(input_file):
     :return:
     """
 
-    parsed_sp_dict_list = []
+    sp_dict_list = []
 
     try:
         with open(input_file, 'r') as stream:
             try:
-                yaml_dict = yaml.safe_load(stream)
-                for k, v in yaml_dict.items():
-                    parsed_sp_dict_list.append(v)
+                sp_dict_list = yaml.safe_load(stream)
             except yaml.YAMLError as err:
                 logging.critical("Input file is not in YAML format")
                 sys.exit(err)
@@ -62,7 +60,7 @@ def parse_input(input_file):
         logging.critical("The specified input file cannot be read (%s)" % input_file)
         sys.exit()
 
-    return parsed_sp_dict_list
+    return sp_dict_list
 
 
 def filter_empty_not_empty_items(li):
@@ -125,13 +123,9 @@ def get_species_history_id(instance, full_name):
 
 def get_gspecies_string_from_sp_dict(sp_dict):
 
-    gspecies = ""
-    for k, v in sp_dict.items():
-        for k2, v2 in v.items():
-            if k2 == "genus":
-                gspecies = gspecies.lower() + v2
-            elif k2 == "species":
-                gspecies = gspecies.lower() + "_" + v2
+    genus = sp_dict["description"]["genus"]
+    species = sp_dict["description"]["species"]
+    gspecies = genus.lower() + "_" + species.lower()
     return gspecies
 
 def get_unique_species_str_list(sp_dict_list):
@@ -166,7 +160,6 @@ def get_unique_species_dict_list(sp_dict_list):
 
     unique_species_dict = {}
     unique_species_list_of_dict = []
-    unique_species_genus_species = get_unique_species_str_list(sp_dict_list=sp_dict_list)
 
     for sp in sp_dict_list:
         gspecies = get_gspecies_string_from_sp_dict(sp)