Release 2.0

• Modification du type de données à la racine du fichier input.yml (liste au lieu d'un dict, le name est ajouté comme item supplémentaire au dictionnaire de chaque espèce sp_dict)
• ajustement de la fonction parse_input() pour tenir compte de la modif précédente
• ajustement du fichier input citrus exemple
• simplification de la fonction get_gspecies_string_from_sp_dict()
• ajout de la date au nom du fichier gff
• fix verbosity arg
• fix banner
• suppression des replace() sur full_name et species_folder_name car genus, species, strain, sex sont "nettoyés" en amont avec la fonction clean_string()

gga_get_data.py

@@ -91,6 +91,12 @@ class GetData(speciesData.SpeciesData):
 
         logging.info("src_data directory tree generated for %s" % self.full_name)
 
+    def get_last_modified_time_string(self, filePath):
+        # give the last modification date for the file, with format '20190130'
+        lastModifiedTimestamp = os.path.getmtime(filePath)
+        lastModifiedTimeStructure = time.localtime(lastModifiedTimestamp)
+        lastModifiedDate = time.strftime("%Y%m%d", lastModifiedTimeStructure)
+        return lastModifiedDate
 
     def get_source_data_files_from_path(self):
         """
@@ -137,7 +143,7 @@ class GetData(speciesData.SpeciesData):
                 elif k in annotation_datasets:
                     dataset_fname = ""
                     if k == "gff_path":
-                        dataset_fname = "{0}_OGS{1}.gff".format(self.dataset_prefix, self.ogs_version)
+                        dataset_fname = "{0}_OGS{1}_{2}.gff".format(self.dataset_prefix, self.ogs_version, self.get_last_modified_time_string(os.path.abspath(v)))
                     elif k == "transcripts_path":
                         dataset_fname = "{0}_OGS{1}_transcripts.fasta".format(self.dataset_prefix, self.ogs_version)
                     elif k == "proteins_path":
@@ -194,7 +200,7 @@ if __name__ == "__main__":
 
     parser.add_argument("-v", "--verbose",
                         help="Increase output verbosity",
-                        action="store_false")
+                        action="store_true")
 
     parser.add_argument("--main-directory",
                         type=str,
@@ -206,7 +212,6 @@ if __name__ == "__main__":
         logging.basicConfig(level=logging.DEBUG)
     else:
         logging.basicConfig(level=logging.INFO)
-    logging.getLogger("urllib3").setLevel(logging.WARNING)
 
     if not args.main_directory:
         args.main_directory = os.getcwd()