Release 2.0

• Modification du type de données à la racine du fichier input.yml (liste au lieu d'un dict, le name est ajouté comme item supplémentaire au dictionnaire de chaque espèce sp_dict)
• ajustement de la fonction parse_input() pour tenir compte de la modif précédente
• ajustement du fichier input citrus exemple
• simplification de la fonction get_gspecies_string_from_sp_dict()
• ajout de la date au nom du fichier gff
• fix verbosity arg
• fix banner
• suppression des replace() sur full_name et species_folder_name car genus, species, strain, sex sont "nettoyés" en amont avec la fonction clean_string()

gga_get_data.py

@@ -200,7 +200,7 @@ if __name__ == "__main__":
 
     parser.add_argument("-v", "--verbose",
                         help="Increase output verbosity",
-                        action="store_false")
+                        action="store_true")
 
     parser.add_argument("--main-directory",
                         type=str,
@@ -212,7 +212,6 @@ if __name__ == "__main__":
         logging.basicConfig(level=logging.DEBUG)
     else:
         logging.basicConfig(level=logging.INFO)
-    logging.getLogger("urllib3").setLevel(logging.WARNING)
 
     if not args.main_directory:
         args.main_directory = os.getcwd()