Release 2.0

• Modification du type de données à la racine du fichier input.yml (liste au lieu d'un dict, le name est ajouté comme item supplémentaire au dictionnaire de chaque espèce sp_dict)
• ajustement de la fonction parse_input() pour tenir compte de la modif précédente
• ajustement du fichier input citrus exemple
• simplification de la fonction get_gspecies_string_from_sp_dict()
• ajout de la date au nom du fichier gff
• fix verbosity arg
• fix banner
• suppression des replace() sur full_name et species_folder_name car genus, species, strain, sex sont "nettoyés" en amont avec la fonction clean_string()

utilities.py

@@ -123,13 +123,9 @@ def get_species_history_id(instance, full_name):
 
 def get_gspecies_string_from_sp_dict(sp_dict):
 
-    gspecies = ""
-    for k, v in sp_dict.items():
-        for k2, v2 in v.items():
-            if k2 == "genus":
-                gspecies = gspecies.lower() + v2
-            elif k2 == "species":
-                gspecies = gspecies.lower() + "_" + v2
+    genus = sp_dict["description"]["genus"]
+    species = sp_dict["description"]["species"]
+    gspecies = genus.lower() + "_" + species.lower()
     return gspecies
 
 def get_unique_species_str_list(sp_dict_list):
@@ -164,7 +160,6 @@ def get_unique_species_dict_list(sp_dict_list):
 
     unique_species_dict = {}
     unique_species_list_of_dict = []
-    unique_species_genus_species = get_unique_species_str_list(sp_dict_list=sp_dict_list)
 
     for sp in sp_dict_list:
         gspecies = get_gspecies_string_from_sp_dict(sp)