Release 2.0

• Modification du type de données à la racine du fichier input.yml (liste au lieu d'un dict, le name est ajouté comme item supplémentaire au dictionnaire de chaque espèce sp_dict)
• ajustement de la fonction parse_input() pour tenir compte de la modif précédente
• ajustement du fichier input citrus exemple
• simplification de la fonction get_gspecies_string_from_sp_dict()
• ajout de la date au nom du fichier gff
• fix verbosity arg
• fix banner
• suppression des replace() sur full_name et species_folder_name car genus, species, strain, sex sont "nettoyés" en amont avec la fonction clean_string()

gga_init.py

@@ -63,7 +63,7 @@ class DeploySpeciesStack(speciesData.SpeciesData):
         if "banner_path" in self.config.keys():
             if not config["banner_path"] == "" and os.path.isfile(os.path.abspath(config["banner_path"])):
                 banner_dest_path = os.path.join(self.species_dir, os.path.abspath("banner.png"))
-                if not os.path.samefile(os.path.abspath(config["banner_path"]),banner_dest_path):
+                if not os.path.isfile(banner_dest_path) or not os.path.samefile(os.path.abspath(config["banner_path"]),banner_dest_path):
                     os.symlink(os.path.abspath(self.config["banner_path"]), banner_dest_path)
                     logging.info("Custom banner added: symlink from %s" % self.config["banner_path"])
             else: